答主居住、工作都在东京都心，对地铁公交等交通方式比较熟悉（当然比起@小雷来说差远了）。 东京的地铁系统属于“中央省厅高速铁道”也就是CR，是行政划分上的，不像北京按市区与远郊区分。所以东京的都营地下铁和私铁虽然线路数量不多，但都集中连接了市中心与各个行政区；新干线、JR等铁路公司也基本按照这样的思路建设地铁线路——当然也有例外，比如山手线就是不连成一条线的环状线路。
在东京要出行的基本只要掌握一个网站就行了： 这是东京交通局开发的网站，可以直接输入起点终点的时间，网站会自动给出最佳路线以及对应的费用。另外手机也可以下载它们的APP。
以楼主的要求为例，早上7点到新宿站，查询结果如下（我选择的是最快的时间段，价格显示为空表示不需要支付费用）： 从新宿站到高田马场只需要60秒，真是惊不惊喜！ 这条线路是新干线从成田机场前往京都的方向，全程快车，很干净。在东京都心的各条线路中，这一趟是最快的。
因为楼主没有说明具体的目的地，所以只能先给这个答案。
秋星哲优质答主东京的地铁和私铁，首末班车时刻一般都是5:00～23:50～24:00（夜行末班车通常为27:00～28:00，比东京都心的JR路线晚上1个小时：因为JR线路是在更晚时间才开通。通常夜行初班车是凌晨1:00，而末班车是5:00——6:00）。东京市中心JR线路上的列车首班车时刻为4:30（由京滨东北线通过总武快速线运行的大船开往东金的通勤快速列车），这个时刻非常早。京滨东北线大船—新宿、武藏野线中野—吉祥寺、丸ノ内线池袋—新宿（部分列车只达到后乐町）在早晨5:05～5:20（6:00前），大约5-7分钟间隔的开出首班车。
其他线路首班车为6：00。京滨东北线的快速列车（到东京以南各站停靠）、山手线、其他JR线的普通列车（只在东京都内停靠）大约6分钟一班车。其他JR线的快速列车大约10-15分钟一班车，7：00准时开出。
进入运营最繁忙的通勤时间后，大部分JR线路上3-4分钟开出一趟列车。到了白天非繁忙时间，班次密度会逐渐降低。在平日，一些线路（总武线各路线、中央线快速）最密行车时间每1-1分半钟就开出一趟列车。山手线和京滨东北线、根岸线、横须贺线、中央线快速、总武线快速，在通勤时间高峰期大约1分40秒-2分钟开出一趟列车。
其他线路在忙碌时间大约2分钟-4分钟开出一班车。到了晚间的交通缓和时间，班次密度会缓慢增长。东京地铁的运营时间一般为5:30-23:30前。5:00左右开出首班车，晚上12:00左右开出末班车。
